Aunque es un tonto cabeza hueca en muchas ocasiones. Naruto es un genio en combate con un gran talento ninja único, muy superior al de Kakashi, Jiraiya, Tsunade, su padre, el Cuarto Hokage y del mismísimo portador del Rinnegan, Nagato. Sus habilidades le han permitido incluso luchar contra los shinobis más poderosos como el temido Madara Uchiha y su contraparte  Obito Uchiha, ya que él siempre sobrepasa y sobrepasa sus límites, para cumplir sus sueños.

Naruto demostrando su gran talento ninja al crear uno de los Jutsu de Viento más poderosos de toda la historia : Elemento Viento: Rasen Shuriken.

Al comienzo de la serie, las habilidades de Naruto eran promedio o por debajo del par, incluso para los estándares de la Academia Ninja, según lo visto al ser incapaz de realizar el Jutsu de Réplica. Sin embargo Naruto podía hacer sin falta el Jutsu de Transformación, y su propia variante original llamada Jutsu Sexy, algo creativo, pero casi un jutsu completamente inútil pero muy divertido, que se utiliza simplemente para impactar a sus instructores como Iruka. A lo largo de la primera parte se entera de una serie de técnicas de corto alcance, que se amplió durante sus dos años y medio de entrenamiento con Jiraiya. Durante la segunda parte empieza a dominar las técnicas de largo alcance, tales como elElemento Viento: Rasen Shuriken y la Bomba Bestia con Cola. A pesar de que Naruto está clasificado oficialmente como genin (debido a que no ha participado en los Exámenes Chūnin) y su corta edad en batalla, él ha llevado acabo hazañas excepcionales de nivel Jonin e incluso de nivel Kage.

En la primera parte, Naruto es regularmente observado y señalado que tienen un gran potencial entre algunos de los ninjas más poderosos como Kakashi Hatake, Kabuto Yakushi e incluso los Sanin. Irukacomentó que Naruto podría superar a todos los demás Hokages anteriores, después de que vio como realizo el Jutsu: Multiclones de Sombras para derrotar a Mizuki. Durante los Exámenes Chunin, muchos de los habitantes quedaron impresionaron al ver como Naruto le gano a Neji Hyuga, quien era reconocido como un genio. Cuando Orochimaru ve derrotado a Kabuto, el trata de matar a Naruto por temor a lo que se convertirá, en una gran amenaza para él. Incluso después de los Exámenes Chunin, Sasuke tenía envidia de Naruto al ver como rápidamente lo estaba superando, debido a esto reto a Naruto a una pelea en donde Sasuke hubiera probablemente perdido sino hubiera intervenido Kakashi.

Este potencial se manifiesta durante la segunda parte, cuando regularmente se demuestra que el esta a la altura de los miembros de Akatsuki. Su victoria sobre los Seis Caminos del Dolor de Nagato le ha ganado la aclamación de la mayoría en el mundo ninja, de una gran reputación y poder incluso la mayoría de los aldeanos cree de corazón que Naruto ya debería ser Hokage, y Zetsu, después de ver la batalla, sugiere que Naruto se ha convertido más fuerte que Sasuke. De acuerdo con Shikaku Nara, Naruto esta a otro nivel desde que aprendió el Senjutsu. Naruto también tuvo reconocimiento de otros individuos de gran poder como Kurama, Madara Uchiha y Tobirama Senju. Con el control del poder de Kurama, él se ha vuelto lo suficientemente fuerte como para pelear y/o defenderse contra Kages de la generación anterior y actual en el campo de batalla. En el anime, él fue capaz de derrotar a los Cuatro del Sonido sin mucho esfuerzo, a pesar de que estos estaban usando el Sello Maldito reforzado con odio. Después de obtener la cooperación de Kurama, Naruto se había vuelto capaz de pelear contra varias Bestias con Cola, junto conKiller Bee en su forma completa del Ocho Colas, e incluso igualar el poder de Cinco Bestias con Cola con una sola Bomba Bestia con Cola. Al dominar la forma de transferir chakra, Kurama comentó que había superado a su padre, el Cuarto Hokage. Inclusive el Diez Colas lo consideraba como una amenaza debido a la semejanza de Naruto con el Sabio de los Seis Caminos y el tener el chakra de casi todas las Bestias con Cola, a excepción de Gyūki.

Fuerza Vital y Control del Chakra

El chakra de Naruto: Cálido y brillante.

Al ser un descendiente del Clan Uzumaki, Naruto cuenta con una increíble resistencia y vitalidad, incluso no envejecerá tanto como otros. Se ha señalado en varias ocasiones que Naruto posee una capacidad de chakra de proporciones excepcionales, gracias a que es Jinchuriki del Nueve Colas, haciendo que sus cantidades de chakra sean cuatro veces mayor a la de un ninja de nivel jonin como Kakashi, después de su entrenamiento con Jiraiya. También posee una regeneración muy acelerada (en parte gracias al poder de Kurama) permitiéndole recuperarse de heridas leves o graves en cuestión de segundos o días respectivamente. Gracias a esto, él es capaz de usar jutsus avanzados y que requieren el uso de mucho chakra por largos períodos de tiempo antes de finalmente colapsar, compensando su falta de control de chakra, un ejemplo de esto fue durante la Cuarta Guerra Mundial Shinobi donde él uso diversas técnicas a través de sus clones contra oponentes poderosos durante una noche completa y un día, hasta la segunda noche de la guerra. Mientras Naruto crecía, sus reservas de chakra crecieron también hasta el punto de poder entrenarse en el Senjutsu y entrar en el Modo Sabio. Según palabras de Karin, el chakra de Naruto es cálido, cariñoso, luminoso, brillante y con una gran esperanza eso se debe a la gran bondad y la noble persona que es él.

La compatibilidad del chakra de Naruto con el de Kurama y su transmisión a otros shinobis.

En los comienzo de la Primera Parte, Naruto poseía un probé control sobre su chakra, principalmente debido a la interferencia del chakra deKurama con la suya, aunque no fue un gran problema por sus grandes reservas de chakra. Con el entrenamiento de Ebisu y Jiraiya, Naruto obtuvo un mejor control de su chakra. De acuerdo con Kurama, él señalo que Naruto era la única persona que puede conectar su chakra con el suyo, debido a su exposición a su chakra durante toda su vida, primero a través de su madre y después convertirse en su jichunriki después de su nacimiento. Además Naruto es capaz de alterar el chakra de Kurama para adaptarse a toda persona, ya que cada Shinobi tiene un tipo de chakra diferente, cosa que impresiono al Nueve Colas admitiendo que supero a sus padres. Kakashi señalo que ha diferencia del chakra transferido por Kurama, la versión de Naruto es mucho más densa haciendo que las personas que obtiene ese chakra obtenga una capa de chakra, parecida a la Versión Uno como Jinchuriki de Naruto, que mejora sus capacidades enormemente. La capa de chakra es capaz de proteger a sus amigos de fuertes ataques como un ataque combinado de técnicas de Elemento Fuego de Madara y Obito y del Desastre Natural de la Bestia de Diez Colas. Incluso es capaz de controlar la cubierta de chakra y manipular toda la masa de chakra para crear una formación de ataque con la apariencia de un pájaro gigante.

En la Cuarta Guerra Mundial Shinobi, Naruto recibió chakra de las otras bestias con cola, a excepción deGyuki. Aunque no se sabe que efectos o capacidades habrá obtenido Naruto, pero parece haber afectado su chakra, ya que el Diez Colas se enfureció al sentir el chakra del ninja.